Juana nació en Madrid en1462, su madre era Juana de Avis, hermana del rey de Portugal y segunda esposa de Enrique IV de Castilla y a él le fue atribuida la paternidad de la niña.
El primer matrimonio de Enrique fue con Blanca de Navarra pero este matrimonio nunca llegó a consumarse. Tras algunos años Enrique repudió a Blanca asegurando que estaba hechizado y esa era la razón por la que no pudo consumar el matrimonio… la excusa no convenció a nadie, se empezaba a hablar ya de la impotencia del rey.
Como hacía falta un heredero Enrique decidió casarse con la hermana del rey de Portugal, Juana de Avis, mujer de enorme belleza y atractivo y entre cuyas virtudes no parecía encontrarse el de la fidelidad a su esposo, por ello los rumores sobre la posible impotencia de Enrique se acrecentaron.
A los siete años de celebrado el matrimonio, la reina Juana daría a luz a una niña en el Alcazar madrileño. A la pequeña, que había nacido el 28 de febrero, se le impuso el nombre de Juana como su madre y, a instancias de Enrique IV, las Cortes reunidas en mayo de ese mismo año, juraron como heredera a la niña.
Juana llego a este mundo no con un pan bajo el brazo como otros bebés sino rodeada de especulaciones; se dijo que fue fruto de la primera inseminación de la historia practicada por los médicos judíos en la persona de su madre mediante una cánula de oro introducida en su vagina. Y se dijo que no era hija de Enrique. La paternidad se atribuyó a Beltrán de la Cueva, valido del rey y "favorito" de la reina. El hecho de que Enrique IV, al poco del nacimiento de su hija, le concediera a Beltrán el condado de Ledesma no hizo más que aumentar los rumores. Se consideraba que el rey pagaba de ese modo el "favor" que Beltrán le había hecho. A partir de entonces a la pequeña Juana se la empieza a conocer como "La Beltraneja"
Los tiempos eran convulsos, con grandes revueltas nobiliarias contra Enrique IV y algunos de ellos, como el marqués de Villena y el arzobispo de Toledo llegaron a declarar que la pequeña Juana era ilegitima y que el verdadero sucesor a la corona era el hermanastro del rey Enrique, el pequeño Alfonso, que junto a su hermana Isabel eran los hijos del segundo matrimonio de su padre Juan II. Se desencadenó entonces una guerra entre los partidarios de Juana y los de Alfonso.
Por si Enrique no se había acabado de enterar de las pretensiones de la nobleza en 1465 se produjo, lo que ha pasado a la Historia como "la farsa de Avila", una ceremonia en la que simbólicamente se despoja al rey de su corona y se nombra a Alfonso nuevo rey de Castilla.
Finalmente Enrique cede y en septiembre de 1468 se firma el pacto de los Toros de Guisando. En él, Enrique desheredaba a su hija y dado que su hermanastro Alfonso había muerto dos meses antes, nombraba a su hermana Isabel - la que un día sería llamada "la Católica" - princesa de Asturias y por tanto heredera a la corona.
La razón que Enrique esgrimió para desheredar a la Infanta Juana no era su condición de hija de otro hombre ( habría sido demasiado duro, incluso para Enrique, reconocerlo) sino la dudosa legalidad de su matrimonio con Juana de Avis ya que, según parece, la dispensa papal - que puesto que eran primos necesitaban para casarse - era falsa. Además la princesa portuguesa estaba dando manifiestas muestras de su infidelidad ya que estando recluida en la fortaleza de Coca había tenido una relación ilícita con el guardián y había quedado embarazada de nuevo, embarazo que en modo alguno podía ser atribuido a Enrique.
En el pacto de Guisando había dos condiciones: que su hermana Isabel casara con el rey Alfonso V de Portugal y que la desheredada Juana lo hiciera con el hijo de éste. De ese modo consideraba Enrique que también Juana llegaría a ser reina y eso, parece ser, que tranquilizaba su conciencia.
La pobre Juana, una niña al fin y al cabo, pasó su infancia custodiada por parte de la nobleza y alejada de su madre y del que consideraba era su padre. Desde 1465 hasta 1470 estuvo custodiada por la familia Mendoza en la fortaleza de Buitrago y después, por los cambios en la política castellana, pasó a manos del marqués de Villena en el castillo de Escalona.
Un nuevo vaivén real altera la vida de Juana. La princesa de Asturias, Isabel, había casado en secreto con Fernando, hijo del rey de Aragón, sin haber solicitado el consentimiento del rey Enrique IV y por lo tanto rompiendo lo acordado. Enrique IV revoca entonces el Pacto de los Toros de Guisando y vuelve a nombrar heredera del Reino de Castilla a su hija Juana. Corría el año 1470, además y para que Juana tuviera el futuro asegurado, concedió su mano al Duque de Guyana, hermano del rey Luis XI de Francia, firmando las capitulaciones matrimoniales en Medina del Campo. El proyecto de que Juana tuviera la protección del rey de Francia no pudo llevarse a cabo porque el duque de Guyana falleció en 1472 dejando a Juana compuesta pero sin marido.
Enrique que deseaba a toda costa dejar el futuro de su hija asegurado ofreció la mano de ésta a Alfonso V de Portugal o al hijo de éste, según conviniera a los portugueses. Hizo el mismo ofrecimiento al infante de Aragón, Enrique, e incluso a Fabrique, infante de Nápoles. Cualquier matrimonio valía con tal de que pudiera suponer un apoyo para su hija.
En diciembre de 1474 muere Enrique IV sin dejar testamento y a partir de ese momento Isabel se proclama reina de Castilla y se inicia la guerra de Sucesión entre los partidarios de Isabel y los de Juana.
La madre de Juana( que había sufrido las maledicencias de los nobles castellanos) deseaba fervientemente ver a su hija coronada reina, de modo que habló con su hermano, el rey portugués, que a la sazón contaba 43 años de edad, para que desposara a Juana de tan solo 13. El objetivo de los partidarios de Juana era conseguir que las tropas portuguesas les ayudaran a vencer a Isabel y Fernando y el objetivo del rey portugués era poder ceñir la corona castellana. La boda se celebró pero al ser tío y sobrina se necesitaba la dispensa papal que en un primer momento fue otorgada y después anulada por el Papa Sixto IV.
A pesar de algunos éxitos iniciales de los partidarios de Juana finalmente la guerra se decantó a favor de Isabel y Fernando. Se dio por concluida en 1479 con la firma de "El Tratado de Alcazobas" en el que se reconocía como reyes de Castilla a Isabel y Fernando y se otorgaba a Portugal el monopolio marítimo comercial en la costa occidental africana exceptuando las islas Canarias.El tratado contentó a los portugueses y por supuesto a los castellanos.
Como algo había que hacer con Juana para evitar futuros enfrentamientos, si ésta volvía a intentar hacer prevalecer sus derechos al trono castellano, se firmó también el convenio de las "Tercerías de Moura" donde se estipulaba la sucesión dinástica a la Corona de Castilla mediante la política matrimonial.
A Juana se le otorgaron seis meses para que eligiera entre casarse con el hijo de Isabel y Fernando, cuando éste estuviera en condiciones de poder matrimoniar - el niño contaba con un año de edad - o ingresar en un convento. También se estipulaba que si llegado el momento de los esponsales el hijo de los reyes Católicos mostraba su disconformidad éstos no se realizarían y se indemnizaría a Juana con 100.000 ducados.
Juana eligió la dignidad y se retiró inmediatamente al monasterio de Santa Clara de Coímbra, donde pronunció sus votos. A pesar de ello siguió siendo para algunos una preciosa moneda de cambio con la que se podría negociar y eso intentó el rey Luis XI de Francia que solicitó su mano para su sobrino Francisco Febo. Francisco murió y las negociaciones no pudieron concluirse. Parece que todos los pretendientes de Juana acababan bajo tierra.
También se dijo, aunque no está documentado, que a la muerte en 1504 de Isabel la Católica, su esposo, Fernando, solicitó la mano de Juana para frenar a Felipe el Hermoso cuya esposa Juana "La loca" era la legitima heredera de Isabel y por tanto reina de Castilla.
La Beltraneja no se casó y siguió hasta el final de sus días como religiosa en Coimbra, donde se la llamaba la "excelente señora" . Al final de sus días pasaba algunas temporadas en el castillo de San Jorge de Lisboa que los reyes portugueses habían puesto a su disposición y donde vivía protegida por ellos.
Murió en 1530 y fue enterrada en el Monasterio de Santa Clara de Lisboa. Tenía 68 años y hasta el final de sus días firmaba sus escritos con "yo la reina".
Juana tuvo la desgracia de ser hija o no de un rey al que llamaban "el Impotente" y de una madre infiel a su esposo y con hijos habidos de relaciones adulteras, lo que restaba credibilidad a la afirmación de que el padre de Juana era el rey de Castilla. Vivió desde su tierna infancia custodiada y recluida por distintos miembros de la nobleza que se iban alternando dependiendo de los vaivenes políticos del Reino. Fue un peón en manos de los poderosos y víctima permanente de sus habladurías.
Se podría decir que la desgracia de Juana se ha prolongado hasta nuestros días. En el momento actual un estudio de ADN podría haberla liberado del despectivo apodo que se suele unir a su nombre. No ha sido posible, los restos de Juana se perdieron hace más de dos siglos en el gran terremoto de Lisboa. La Historia nunca podrá dilucidar su legitimidad.